Phim Thần Võ Thiên Tôn 3D kể về Thần Võ Thiên Tôn, người bị phản bội và chết. Khi tái sinh vào đệ tử Tiêu Trần của Lăng Vân Môn, ông tái khởi động hành trình dưới danh nghĩa "Chư Thiên Tôn," sở hữu sức mạnh thần thánh và trí tuệ siêu việt. Với sự trợ giúp của quái thú Tiểu Hắc và hồng nhan tri kỷ Khương Manh, Tiêu Trần nhanh chóng xây dựng thế lực, thống nhất Thiên Nguyên Vực và mang lại hòa bình sau hàng trăm năm xung đột. [Xem thêm]